189 papers
Dit artikel introduceert SBayesCO, een Bayesiaans raamwerk dat genomische associatiestudies en moleculaire QTL-data gezamenlijk modelleert om de polygenische voorspelling van complexe eigenschappen en de prioritering van SNP's significant te verbeteren ten opzichte van bestaande methoden.
Deze paper introduceert XMR, een nieuwe statistische methode die gebruikmaakt van GWAS-samenvattingen uit diverse populaties om de causaliteitsinferentie in ondervertegenwoordigde bevolkingsgroepen te verbeteren, waardoor de statistische power wordt verhoogd en nieuwe causale relaties worden ontdekt die wereldwijde gezondheidskloven helpen dichten.
Deze studie analyseert acht jaar aan data van bijna 10.000 volwassen patiënten en toont aan dat genetische testing in de volwassen geneeskunde een hoge diagnostische opbrengst heeft, waarbij de resultaten sterk variëren afhankelijk van de leeftijd, de verwijzingsindicatie en het gebruikte testtype.
Deze studie toont aan dat bij patiënten met multiple sclerose de EBV-geïnduceerde transcriptiefactor EBNA2 een versterkte activiteit vertoont die de genexpressie, chromatine-toegankelijkheid en transcriptiefactor-binding in B-cellen beïnvloedt op een manier die samenhangt met genetische risicoloci voor de ziekte.
Genetisch onderbouwde remming van de angiotensinogenesynthese is geassocieerd met een verlaagd risico op cardiovasculaire aandoeningen zoals coronaire hartziekte, beroerte en hartfalen, zonder zorgen over belangrijke veiligheidsrisico's, wat de potentie van deze therapeutische aanpak ondersteunt.
Dit onderzoek integreert statistische fijnmapping, MPRA en CRISPRi-screens om te bepalen dat zowel SNPs als VNTRs in het 5p15.33-locus functioneel zijn en via de Hippo-signaalweg tegenstrijdige effecten op kankerontwikkeling hebben.
PanelAppRex is een nieuwe, openbare tool die meer dan 58.000 geneeskrachtige genenpanelen harmoniseert en een geavanceerde zoekfunctie biedt voor variantinterpretatie en genomische diagnostiek, waarbij in alle geteste casestudies de causale genen succesvol werden geïdentificeerd.
Dit onderzoek toont aan dat ULI-HiFi-sequencing, een methode voor langleessequencing met ultra-lage DNA-input, superieure variantdetectie biedt ten opzichte van bestaande methoden en nieuwe inzichten verschaft in de progressie van darmkanker via de expansie van een herhalingssequentie in het tumoronderdrukkende gen LIMD1.
Dit artikel introduceert Gene Portals, een modulair raamwerk dat klinische, functionele en structurele gegevens voor zeldzame ziekten centraliseert om de gestandaardiseerde variantclassificatie en het inzicht in moleculaire mechanismen te verbeteren.
Deze studie ontwikkelt machine learning-modellen die, door gebruik te maken van uitgebreide tumorprofieldata, de pathogeniciteit van BRCA1- en BRCA2-varianten nauwkeurig voorspellen en zo een aanzienlijk aantal varianten van onzekere betekenis (VUS) succesvol kunnen classificeren.
De auteurs presenteren de eerste massaspectrometrie-sterolomische bibliotheek, ontwikkeld met Girard P-hydrazine-derivatisering, om de diagnose en monitoring van zeldzame erfelijke stoornissen in cholesterolmetabolisme te verbeteren die vaak moeilijk te diagnosticeren zijn.
De studie toont aan dat therapeutische hypotheses die worden ondersteund door plasma-eiwit kwantitatieve trait loci (pQTL) een 4,7 keer hogere kans hebben om van Fase I naar de markt te gaan vergeleken met hypotheses die uitsluitend op menselijke genetische bewijzen zijn gebaseerd.
Een Mexicaanse studie toont aan dat het FTO-rs9939609-A-variant geassocieerd is met een slechtere glycemische controle bij patiënten met type 2-diabetes, zelfs onder farmacologische behandeling.
Dit onderzoek benut genetische data van vier psychiatrische stoornissen om via geavanceerde moleculaire analyses nieuwe medicijndoelen te prioriteren en bestaande geneesmiddelen te herbestemmen, waardoor de kans op betere patiëntuitkomsten wordt vergroot.
FA-NIVA is een Nextflow-framework dat Nanopore-sequencingdata gebruikt voor geautomatiseerde, reproduceerbare en nauwkeurige detectie van zowel enkel-nucleotide als structurele varianten en haplotype-fasering bij Fanconi-anemie.
In dit artikel wordt MuAt2, een Transformer-model dat somatische varianten uit hele genoomsequenties analyseert, gepresenteerd als een krachtig en interpreteerbaar hulpmiddel voor het nauwkeurig classificeren van tumortypes, het onderscheiden van moleculaire subtypes en het verbeteren van de prognostische stratificatie bij diverse kankers.
Deze studie toont aan dat het integreren van een nieuw, anoniem polygenisch risicoscorekader met een calciumscore van nul (CAC=0) subgroepen identificeert met een significant verhoogd risico op coronaire arteriële ziekte, wat suggereert dat genetische achtergrond een cruciale rol speelt bij het bepalen van de noodzaak voor preventieve therapie, zelfs bij afwezigheid van zichtbare verkalking.
Deze studie beschrijft een nieuw genetisch fenomeen, genaamd 'clustered monoallelic mosaicism' (cMoMa), waarbij tweelingen met een HNRNPU-gerelateerde neurodevelopmentale stoornis een unieke genotypische configuratie vertonen die wijst op een eerder onbekend mutatiemechanisme dat voortkomt uit asymmetrische reparatie van DNA in een vroeg embryonaal stadium.
Deze retrospectieve genomische epidemiologische studie identificeerde een uitbraak van een multiresistente *Klebsiella pneumoniae*-stam (ST39) als oorzaak van een dodelijke neonatale sepsis-epidemie in een Gambisch ziekenhuis, waarbij multi-gebruik van intraveneuze vloeistoffen als bron werd aangetoond en de stam werd gekenmerkt als een wereldwijd verspreide, hoog-risico kloon.
Hoewel heupartrose en de ziekte van Alzheimer klinisch vaak samen voorkomen door een depressie-gemedieerd verband, onthult deze studie dat genetische aanleg voor heupartrose juist een krachtige neurovasculaire bescherming tegen Alzheimer biedt via astrocyten en pericyten, wat een evolutionaire tegenstelling binnen de bot-hersen-as aantoont die het belang van pijnmanagement onderstreept.